这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。
忍者并不存在。 ...这就是我们的想法。即使忍者存在，他们也绝不会向我们展示自己的外貌。这就是为什么忍者不“正式”存在。主角卡场和时是一个普通的男孩，他和我们其他人一样相信忍者不存在。他被许诺过正常、快乐和光明的日子……至少他是这么想的。有一天，一时的生命受到威胁，他听说这是一名身穿盔甲的忍者所为。一时的性命为何成为攻击目标？那是因为……他是十九代忍者的合法继承者！伊卡和科卡多年来一直存在冲突，科卡试图入侵伊卡。为了让一时活下去……他别无选择，只能自己成为忍者！就这样，他沉浸在无人知晓的忍者世界中。学习、战斗、面对困难，成为一名成熟的忍者。然而，这只是一时残酷命运的开始……
