未来世界库库鲁长大成人，即将加冕成为古灵仙族的国王，女神安琪儿与新一任花仙魔法使者“圣洁之光”雪城爱一起守护着拉贝尔大陆的和平，人们生活在宁静祥和之中。然而黑暗魔王借着人们内心的私欲逐渐壮大，他利用芬妮公主对安琪儿的嫉妒之心再一次发动侵袭，妄图抢夺神秘力量，花之法典中的花仙精灵被尽数黑化，拉贝尔大陆岌岌可危。危急关头，安琪儿女神不得不打开时空之门，将雪城爱与库库鲁送回过去的地球，去找到那个命定的魔法少女寻求帮助……
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改编自广山弘原作的《Fate/stay night》外传漫画《Fate/kaleid liner 魔法少女☆伊莉雅 3rei!!》第7卷内容。剧情作为电视动画《Fate/kaleid liner 魔法少女☆伊莉雅》的前传，“平行世界”中卫宫士郎和美游两兄妹的故事。“我想我可以说出来了。我与美游的……至今为止的故事”世界向着毁灭前进。能够阻止毁灭的步伐的，唯有身为“圣杯”的美游的牺牲而已。要选择世界，还是美游——。面对发起“世界的救济”的恩兹华斯所提出的这个问题，伊莉雅给出的答案是，“拯救双方”这种单纯的“任性”。战斗迎来暂时的休止，一行人暂时栖身于美游与士郎成长的家中。在众人团聚的途中，士郎开始讲述自己与美游的过去。曾经能够无差别地实现任何愿望的神稚儿美游。士郎将无家可归的她带回了自己与切嗣一同生活过的家里。在那之后过了5年。两人如同亲兄妹一般度过着平稳的生活。但是这样的日常却突然迎来了结束。造访美游老家的两人。在他们的面前，将美游当成“奇迹”地追求的朱利安出现了——。美游与士郎、恩兹华斯的因缘，在此揭晓。
被世人遗忘的支线列车上，男人准备前往父亲的疗养院探视，却意外进入迷离异境。火车摇晃着磬锵匡当，恍若咒语，叠映成显微镜下的复眼迷宫。荒芜颓圮的屋舍内，时间滴答着无重力的死寂，医生宣告父亲的死讯，在这个漂浮于睡眠与死亡的空间里，男人的拜访究竟是永恒中荒渺的黄粱一梦，还是显微镜底下观看的朝露一滴？或者，故事才正要开始⋯⋯
叶苍玄，举世无双炼体老祖，向诸神发起挑战。然而只差最后一步时，不幸在十万天劫中身毁陨落。数年后，叶苍玄再次苏醒，回到曾经的故乡，凡界沧州。两千六百多年未回，这里早已物是人非。曾一手创建的青玄宗遭奸人所害，门庭凋敝，任人宰割，昔日的故交好友更是生死未卜，不知所踪。既然回来，叶苍玄决定整顿昔日因果。曾经的他强大无比，如今依旧纵横天地。最终待一切了结，叶苍玄还会再次挑战，登上大道的巅峰！
