这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
在极端少子化的近未来，有一间以保护为数不多的孩童为名，强迫所有学生住校的学园。某一天，校内发生了一位名叫小野的女学生莫名失踪，校方却草率断定女学生已死的事件。小野的好朋友．冬村四织对此感到疑惑，便决定自行展开调查。但她做的第一件事却是找同班同学．三田一重的麻烦。只因她知道三田一重其实就是传说中的圣诞老人！
随着突如其来的“放逐”，命运之轮再次开启。亚历克·尤格雷特是暗中支持皇太子雷古勒斯·加尔达纳的宫廷魔法师。他本应被限制在“辅助魔法”领域，以保护孱弱的雷古勒斯，但突如其来的放逐让他失业了。然后，在亚历克斯出现之前，尤尔哈·艾森茨出现了，他是在魔法学院时期与他并肩作战的传奇队伍“永恒之时”的伙伴。“我们需要你的力量！”传奇队伍重聚，新的故事开始了。让我们开启新的传奇。延续那一天。无尽的日子（Ruby：永恒之时）！
